Eğer başvuru işleme alınmazsa gerekçesiyle birlikte başvuru sahibi bilgilendirilecek. Suç ihbarı niteliğinde olan başvurulara ilişkin ihbarın ilgili adli mercilere yapılması gerektiği yolunda başvuru sahibine bilgi verilecek. Başvuru konusu bir kamu kurum ve kuruluş personeli ya da yöneticisi hakkında şikâyet niteliğinde ise başvuru bir üst amire gönderilecek. Şikâyet niteliğindeki başvurularda CİMER personelinin gerekli görmesi halinde başvuru sahibinin lehine olmak üzere kimlik ve iletişim bilgileri gizlenebilecek. Başvuru ve başvuru sahibine ilişkin tüm bilgiler, ileride doğabilecek hukuki uyuşmazlıklar nedeniyle yargı organları ile diğer yetkili makamların taleplerini yerine getirmek üzere arşivlenecek. 

Hangi başvurular kabul edilmeyecek?
CİMER’e yapılan başvurulardan;

a) Yasama ve yargı organlarının yasama veya yargı faaliyeti kapsamında olanlar,

b) Başvuru amacı ve konusu anlaşılır nitelikte olmayanlar

c) Başvuru sahibi ile üçüncü şahıslar veya kurum ve kuruluşlar ile özel hukuk ilişkileri kapsamında talep, borç veya yükümlülük içerenler,

ç) Başvuru esnasında başkasının kimlik ve iletişim bilgilerinin kullanıldığı veya başvurunun ayırt etme gücü bulunmayan kişilerce yapıldığı tespit  edilenler,

d) 26/9/2004 tarihli 5237 sayılı Türk Ceza Kanunu ve diğer mevzuat hükümlerine göre yalnızca cumhuriyet başsavcılıkları ve diğer adli makamların görev ve yetki alanı dahilinde değerlendirilmesi gereken suç ihbarı niteliğinde olanlar

e) Yalnızca tahmine veya zanna dayalı ifadeler içeren ve başvuru içeriğinde herhangi bir somut bilgi ya da belge bulunmayanlar,

f) Hakkın açıkça kötüye kullanılmasına sebep olabilecek şekilde aynı başvuru sahibi tarafından sürekli ve benzer mahiyette yapılanlar,

g) Herhangi bir kamu kurum ve kuruluşunun görev alanına girmeyenler,

ğ) Başvuru eklerinde, başvuru metinlerinin doğruluğunu kuvvetlendirecek delil veya ispat niteliğindeki görüntüler haricinde yer verilen ekler,

h) Mevzuatında posta, faks ve ıslak imzalı dilekçe gibi özel başvuru usulü öngörülenler,

ı) 6. maddede belirtilen usule aykırı olanlar işleme alınmaz.