20.01.1934 tarihinde Konya’da dünyaya gelmiştir. Tam adı Mustafa Köksal Kafalı’dır.

Babası Cumhuriyetin ilanına kadar Müdde-i Umumi (Cumhuriyet Savcısı) olarak görev yapan, Cumhuriyetin ilanından sonra Hakimliğe geçen ve 1949 yılında 65 yaşında iken Hakimlikten emekli oluncaya kadar görev yapan Mehmet Said Bey (1884-1963), Annesi Feride Hanımdır.

Aile kökenleri Karaman Türkmenlerinden olduğu söylenmektedir. Önceleri Karaman ve Ermenek’te yaşayan ataları daha sonradan Konya’ya taşınıp yerleşmişlerdir. Konya’nın eski ve köklü ailelerindendirler.

Mustafa Kafalı, İlkokulu Konya’da Ahmet Paşa, İsmet Paşa ve Taş Mektep adıyla da bilinen Akif Paşa Mektebinde okudu. Ardından Anadolu’nun en iyi liselerinden olan Konya Lisesinden mezun oldu. 

Üniversite eğitimini 1953 yılında başladığı Ankara Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümünde yaptı.

1960’ta İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi “Umumi Türk Tarihi Kürsüsü”nde Asistan olarak akademik kariyerine başladı.

1962 yılında kendisi gibi tarihçi olan Sevgi Hanımla evlendi. Tanıştıran ve evlenmelerini tavsiye eden Nihal Atsız’dı.

1965 yılında “Ötemiş Hacı’ya Göre Cuci Ulusunun Tarihi” adlı tezi ile Doktorasını bitirdi. Ünlü Tarihçi Zeki Velidi Togan’ın doktora yaptırdığı ilk ve tek kişi Mustafa Kafalı Hocadır.

1971-1972 yıllarında 1 yıl kadar Londra’da,  alanında incelemeler yaptı.

1972 yılı Kasım ayında “Altın-Orda Hanlığı’nda Sayın Han Sülâlesi Devri (1227-1360)” adlı teziyle Doçentliğini aldı.

Mayıs 1982’de de “Çağatay Hanlığı (1227-1345)” adlı eseriyle Profesör ünvanına layık görüldü.

Aynı yıl Konya Selçuk Üniversitesinin davetiyle Konya’ya dönerek Selçuk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Dekanlığına getirildi. Ancak 12 Eylül 1980 darbesinin etkisi devam ediyordu ve Konya Sıkıyönetim Komutanlığının emriyle Konya’yı terk etmek zorunda kaldı. Tekrar Ankara’ya döndü, kısa bir süre sıkıntı yaşasa da, dönemin Ankara Üniversitesi Rektörü Prof. Tarık Somer’in ve İhsan Doğramacı’nın çabalarıyla Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesine yani mezun olduğu okula Profesör olarak geri döndü.

Yaşamı boyunca Türk Tarih Kurumu Üyesi idi.

Çok iyi derecede İngilizce ve Rusça biliyordu.

Nihal Atsız kendisine “Yamtar” adını takmıştı. Nihal Atsız’ın meşhur Bozkurtlar adlı eserindeki Yamtar adlı yiğit, gözünü budaktan esirgemeyen, kendisinden sayıca üstün kişi ve gruplarla dövüşten çekinmeyen, Kür Şad’ın 40 arkadaşından birisi olan, iri-yarı, heybetli, devleti ve milleti için her türlü fedakârlığı yapan yiğit bir vatan evladıdır. İşte Prof. Mustafa Kafalı Hoca da 1.90’a yakın boyu ve 90 kg vücût yapısıyla, heybetli görünüşü, müthiş cesareti ve kararlı duruşu, dopdolu olduğu vatan ve millet aşkıyla döneminin Yamtar’ı idi. 

Nihal Atsız, Kafalı hocanın eşi Sevgi Hanıma da “Almıla” adını takmıştı. Almıla, kelime kökeni Göktürkler’e kadar uzanan “kırmızı elma” anlamına geliyordu ve diğer adı “Kızılelma Ülküsü” idi. Bazı kaynaklarda ise, Moğollara dayandığı ve kutsal kadın anlamına geldiği de yazılıdır.

İlim ve fikir hayatının en önde gelen isimlerinden birisiydi ve Türk Tarihi, Türk Kültürü ve Türk Coğrafyası alanlarında en donanımlı hocalarımızdandı.

Eşi Sevgi Kafalı ile birlikte Türk Milliyetçilerinin abisi ve ablası olmuşlardı. Evlerinin kapısı herkese açıktı. Gerek kendisi ve gerekse eşi, cömert, derviş ruhlu, yol gösterici, mütevazi karakterleri ve Bilge kişilikleriyle farklı düşünce yapısındaki kişilerin de saygısını kazanmış insanlardı.

Mustafa Kafalı Hoca, siyasi çalkantıların ve konjonktürel durumların sebep olduğu riskli yıllarda bile, gerek üniversitede ve gerekse evinde, kapısı herkese açıktı. Bu nedenle her fikirden ve görüşten herkesin saygısını kazanmıştı. Ona göre insanlar ya yeterince bilgi sahibi olmamaktan yada gelecek korkularından dolayı ömürlerini heba ediyorlardı.

Ötemiş Hacıya Göre Cuci Ulusu’nun Tarihi (Cengiz İmparatorluğu), Makaleler-1, Makaleler-2, Çağatay Hanlığı 1227-1345 adlı yayınlanmış kitapları vardır. 

Prof. Mustafa Kafalı Hoca hakkında ilk baskısı 2016’da yapılan 280 sayfalık “İnsan Ona Derlerki Yaşar Hatıralarla Prof. Dr. Mustafa Kafalı’ya Vefa” isimli ve birden fazla kişinin yazarı (anonim) olduğu, Harun Maral’ın editörlüğünde Buğra Yayınevince bir kitap çıkarıldı.

Kitabın yazarlarından Mustafa Öztürk’e göre, “Prof. Mustafa Kafalı Hoca eğer Mete devrinde yaşasaydı bir ordunun komutanı olurdu; Fatih döneminde yaşasaydı Serdar yapılır fetihten fetihe koşardı. Yaşadığı dönemde kıymeti bilinmedi, oradan oraya savruldu, üniversite üniversite dolaştırıldı. Ancak o hiç eğilmedi, iktidarlara dalkavukluk yapmadı; sözünü dosdoğru söylemeye devam etti. Gerçek bir Alp-Eren’di.”

Tarihçi Prof. Dr. Mustafa Kafalı 28 Ağustos 2019’da 85 yaşında Ankara’da vefat etti. 30 Ağustos 2019’da Kocatepe Camiinde kılınan cenaze namazından sonra Ankara/Gölbaşı Mezarlığına defnedildi.

Allah rahmet eylesin, mekanı cennet olsun..