10 Aralık 1890’da şimdiki Rusya Federasyonu’nun Başkurt Özerk Cumhuriyetinin İsterlitamak (İşimbay) Kazasının Kuzen Köyünde doğmuştur.

Asıl adı Ahmet Zeki’dir. Babası Ahmedşah, annesi Ümmülhayat Hanımdır. Togan kelimesi Türkçede Doğan anlamındadır. Türkiye’ye gelip vatandaş olduktan sonra bu soyadını almıştır.

Hem baba, hem de anne tarafı eğitimli ve kültürlü bir aileden gelmektedir. Kendi ifadesiyle babasından Arapça, annesinden Farsça öğrenmiştir. Daha sonradan kendisi ilaveten Rusça ve İngilizce de öğrenmiştir.

Zeki Velidi döneminin (bugünkü karşılığı üniversite olan) çeşitli medreselerinde dini ve pozitif ilimler tahsili yapmıştır. 

Bir yandan mensubu olduğu Başkurt toplumunun sair sorunlarıyla, diğer taraftan da Türk Tarihi ile ilgilenmeye başlar. 2 kez Türkistan’a araştırma seyahatleri yaparak, Türk Tarihinin izleri üzerinde çalışmalar yapar.

1913 yılında araştırmalar yapmak üzere Fergana’ya (Özbekistan’da) gider. Burada Yusuf Has Hâcib’in Kutatgu Bilig adlı eserinin el yazması bir nüshasını bulur. Bu konuda raporlar ve makaleler hazırlar. 1914’te de Buhara’da Türk Tarihi üzerinde incelemeler ve detaylı çalışmalar yapar.

Bolşevik Devriminden önceki yıllarda Müslüman halkların temsilcisi olarak Rusya Meclisi olan Duma’da görev yapmak üzere o zamanki başkent St. Petersburg’da bulunmuştur. 

1917 Ekim’indeki Bolşevik Devriminden sonra, Türkistan, Kazak-Kırgız, Türkmen ve  Özbek Türkleriyle işbirlikleri yaparak, Orta Asya Türklerinin ortak sorunlarını gündeme getirmeye başlar.

Başkurt Özerk Hükümetinin kurulmasında aktif rol alır. Önce İçişleri ve Harbiye Nazırı, sonra Hükümet Başkanı olur.

Bolşevik devriminde, verilen sözlere itibaren Bolşeviklerin destekçisi olur. Lenin, Troçki ve Stalin’le defalarca görüşmüştür.

Ancak ihtilalden sonra durum tam tersine döner. 1917’de Başkurtistan Muhtariyetini ilan etseler de, Sovyetler 1918’de burayı işgal eder ve kendisini de tutuklar. Kısa bir süre sonra bir yolunu bulup hapisten kaçarak Türkistan’a geçer ve mücadelesine buradan devam etmek zorunda kalır.

Türkistan Milli Birliğinin başına getirilir. Basmacılar adlı örgütlenmeye dahil olarak Bolşevik Ruslarla mücadeleye başlar. Bu dönemde Enver Paşa’yla bir çok kez görüşmeler yapar. (Basmacılar, Özbek Türklerinin öncülüğünde Türk gruplarının Sovyetlere karşı 1917 Bolşevik devriminden sonra başlattığı ve 1934’e kadar sürdürdükleri ayaklanma ve özgürlük hareketidir, maalesef başarısızlıkla neticelenmiştir).

Bu dönemlerde ilmi araştırmalara ve kitâbeleri istinsah etmeye (kopyelerini çıkarmaya, üzerinde çalışmak üzere birebir kopyelemeye) de ara vermeden devam eder.

1923’te önce İran’a, ardından Afganistan’a gider. İran’da iken Meşhed’deki bir kütüphanede, Abbasiler döneminin önemli adamlarından olan ve 900’lü yıllarda yaşamış olan İbn Fadlan’ın seyahatlerini ve devletin resmî görüşme notlarını yazdığı eserine ulaşır. Daha sonra Hindistan’a geçer.

1923’te İbnül-Fakih’i (10. Yüzyılda yaşamış Fars/Pers Tarihçi ve Cofrafyacısı) ve 1930’larda Harezm dili (Karahanlı Türkçesinden Çağatay Türkçesine geçiş dili olarak bilinir) kalıntılarına ulaşır ve incelemeler yapar.

Daha sonra, Hindistan üzerinden Türkiye’ye gelir ancak vize ve ikamet konusunu çözemeyince Avrupa’ya giderek İngiliz, Alman ve Fransız tarihçilerle temaslar kurarak çalışmalarına devam eder.

1924’te Paris’ten Berlin’e geçer. Berlin’de Türkistan ve Türklük üzerine konferanslar düzenlemeye ve Turancılık fikrini gerekçeleriyle birlikte her platformda anlatmaya başlar.

Türkiye Cumhuriyeti Milli Eğitim Bakanı Abdullah Suphi Tanrıöver’in Atatürk’ün izniyle kendisini davet etmesi üzerine Haziran 1925’te Türkiye’ye gelir ve kendisine Türk Vatandaşlığı verilir.

Önce Ankara’da Maarif Vekaleti Telif ve Tercüme Heyeti Üyesi olarak çalışmaya başlasa da bundan memnun olmayınca, İstanbul Darülfununu Edebiyat Yüksek Mektebine Türk Tarihi Muallimi olarak atanır.

Sagay Türklerinden Prof. Nikolay Katinov’un kütüphanesindeki tüm kitapları satın alarak Türkiye’ye getirir. Bu kitapları Türkiyat Enstitüsüne bağışlar.

1930’da Ankara’da kurulan Türk Tarihi Tetkik Heyetine ve sonrasında heyetin hazırladığı tarih kitabına ciddi eleştiriler getirir ve bu eleştirilerini Temmuz 1932’de yapılan Türk Tarihi Kongresinde de tekrar edince önemli tepkiler alır. Konu, Reşid Galip’in sunduğu “Orta Asya’nın zamanında bir iç deniz olduğu ve bunun zamanla kuruduğu” tezine şiddetle karşı çıkarak, Orta Asya’nın en başından beri bir Türk Yurdu olduğudur. 

Bu sırada Türkiyat Enstitüsü asistanları olan öğrencileri Hüseyin Nihal Atsız ve arkadaşları kendisine destek verdikleri için, asistanlıktan uzaklaştırılarak Malatya’ya Orta Mektep Türkçe Öğretmenliğine atanırlar.

Bu gelişmeler üzerine üniversitedeki görevinden istifa ederek Viyana’ya gider. Viyana’da İbn Fadlân (10. Yüzyılda yaşamış Arap din bilgini ve gezgini) üzerine doktorasını tamamlar ve Almanya Bonn Üniversitesine geçip burada göreve başlar. 1938’de de Göttingen Üniversitesine geçer. 

1938-1939 yıllarında Bonn ve Göttingen Üniversitelerinde Türk ve İslam Tarihi dersleri verir.

2. Dünya Savaşının hemen öncesinde, 1939’da, Cumhurbaşkanı İsmet İnönü’ye, Genelkurmay Başkanı Mareşal Fevzi Çakmak’a ve Maarif Vekili Hasan Âli Yücel’e mektuplar yazarak tekrar Türkiye’ye dönmek isteğini iletir ve kabul edilince Türkiye’ye dönerek İstanbul Üniversitesinde göreve başlar.

Atandığı İstanbul Üniversitesinde Umumi Türk Tarihi Kürsüsünü kurar.

Bu yıllarda, Ali Şir Nevai İncelemesi, Tarihte Usul, Umumi Türk Tarihine Methal isimli kitaplarını yazar.

1944 yılı Mayıs ayında Sovyet aleyhtarlığı ve Turancılık Hareketinin içinde bulunması nedeniyle diğer arkadaşlarıyla birlikte Sıkıyönetim Mahkemesince tutuklanır ve 1,5 yıl kadar hapis yatar. 10 yıl hapis cezasına mahkum edilir. Askeri Yargıtay’da Karar bozulunca Ekim 1945’de tahliye edilir ve 31 Mart 1947’de de beraat eder.

1953’te, daha önce kapanan İslam Tetkikleri Enstitüsünü yeniden kurar ve ilk Müdürü olur.

Oğlu Subidey Togan Bilkent Üniversitesi ve ODTÜ’de İktisat Bölümü Başkanlığı yapmış İktisat Profesörü, kızı İsenbike Togan Boğaziçi Üniversitesinde Tarih Profesörü, torunu Emre Togan da elektrik elektronik mühendisidir, Harward Üniversitesinde akademik kariyerine devam etmektedir.

Türk Kavimlerinde Dört Mısralı Şarkılar (1910), Türk ve Tatar Tarihi (1912), Bugünkü Türkistan ve Yakın Mazisi  (1928), Bugünkü Türk İli  ve Yakın Tarihi (1942 ve 1981), Moğollar Döneminde Anadolu’nun İktisadi Vaziyeti (1931), Onyedi Kumaltı Şehri ve Sadri Maksudi Bey (1934), Türkistan Tarihi (1939), Moğollar, Cengiz ve Türkler (1941), Buruni’nin Dünya Hakkında Tasavvuru (1946), Umumi Türk Tarihine Giriş (1946), Horezm Kültürü Vesikaları Kısım-1 (1951), Timur ve Oğulları (1964), Tuyuhunlar ve Başkurtlar (1968), Hatıralar-Türkistan ve diğer Müslüman Doğu Türklerinin Milli Varlık ve Kültür Mücadeleleri (1969), Türklüğün Mukadderatı Üzerine (1970), Kur’an ve Türkler (1971), Oğuz Destanı Reşideddin Oğuznamesi Tercüme ve Tahlili (1972), Tarihte Usul (2020) isimli kitapları basılmıştır.

26 Temmuz 1970 tarihinde 80 yaşında iken İstanbul’da vefat etmiştir. Karacaahmet Mezarlığında medfundur.

Allah rahmet eylesin, mekanı cennet olsun..