1389 (Bazı kaynaklarda 1390 geçer) yılında o zamanki adı Dimaşk olan bugünkü adıyla Suriye/Şam'da dünyaya gelmiştir. Babasının adı Kurtboğan namıyla da bilinen Şeyh Hamza’dır.

İslam âlimi, mutasavvıf, tıp ve eczacılık ordinaryüsü ve şairdir. Astroloji bilimine vakıf olduğu da bir kısım kaynaklarda yer alır.

Asıl adı Mehmet Şemseddin’dir. Bir çok konuda kendisini yetiştirmiş çok yönlü bir bilim insanı ve Fatih Sultan Mehmed'in Hocasıdır. Şemsîyye-î Bayramîyye isimli tarikatın kurucusudur. 

Mehmet Şemsettin küçük yaşlarında ailesiyle beraber Amasya’ya gelmiş ve babası tarafından yetiştirilmeye başlanılmıştır.

Rivayetlere göre Akşemseddin'in soyu, baba tarafından İslamı ilk kabul eden sahabelerden biri olan Ebu Zerr Gıffari’ye  kimi kaynaklara göre de (örneğin Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisinde) soyu Hz Ebu Bekir’e dayanmaktadır.

İlk tahsilini babasından almış ve aynı zamanda 7 yaşında hafız olmuştur. 

İlerleyen zamanda ailesiyle birlikte Çorum-Osmancık kazasının Sarpın kavak köyüne yerleşmiştir. Babasının vefatından sonra o dönemlerin önemli üniversiteleri olan Amasya ve Osmancık medreselerinde eğitimini tamamlayan Akşemseddin, Osmancık Medresesine müderris (şimdiki muadiliyle Profesör) olmuştur. 

Daha sonra, daha da fazla şeyler öğrenmek azmi ve amacıyla müderrisliği bırakıp ilim tahsiline devam etmek için bir mürşid bulmak ümidiyle önce İran, sonra Halep taraflarına gider. 

Beklediğini bulamayınca Anadoluya geri döner. Bu sırada bir çok ilim sahibi kişiler “Kazandığın şu zahiri ilmini mana ilmiyle, bilgini aşk ile, akıl vergisini kalp ve gönül vergisiyle tamamlaman gerek. Bu da yalnız olmaz. Sana bir mürşit lazım. Kalk Ankara’ya git. Orada Hacı Bayram Veli’ye müracaat et. Talebesi ol. O seni tamamlasın, bütünlesin. Senin aradığın daha üst ilim ondadır” derler. 

Mehmet Şemseddin manevi işaret de alınca Ankara’ya giderek Hacı Bayram Veli Hazretlerinin talebesi olur. Hacı Bayram Veli’nin yanında eğitimini tamamlayıp icazet alınca önce Ankara/Beypazarı’na daha sonra Çorum/İskilip Evlek Köyü civarına yerleşir, ancak buralarda halkın büyük ilgi, alâka ve teveccühünden dolayı rahatsız olur ve gurura kapılıp nefsimize yeniliriz endişesiyle Bolu Göynük’e gelip yerleşir.

Tıp ve Eczacılık ilminde, döneminin dünyadaki en bilgili ismi olarak kabul edilir. Kaynaklarda Akşemseddin'in tıp ilmini kimden, ne zaman ve nasıl öğrendiğine dair net bir bilgi yoktur. Bununla alâkalı İskoç Oryantalist Elias John Gibb, History of Ottoman Poetry adlı eserinde, Akşemseddin'in tıp alanındaki ilmini, Hacı Bayram Veli’den öğrendiğini kaydetmekte ve kendisinden övgüyle söz etmektedir.

Akşemseddin, Antonie van Leeuwenhoek'in yaklaşık iki asır sonra, yaptığı deneylerle keşfettiği mikrobu, Maddetü'l-Hayat adlı eserinde yıllar öncesinde şöyle dile getirmiştir:

''Hastalıkların insanlarda teker teker ve ayrı ayrı ortaya çıktığını sanmak hatadır. Hastalık, insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma, gözle görülmeyecek kadar küçük, fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur.'' 

Gelip yerleştiği Göynük’te önce geçimini temin etmek için çalışmayı planladığı bir değirmen yaptırır, atıl durumda, bomboş duran topraklarda tarımla da uğraşarak helal geçimi için para kazanmakta, kazandığını kendisine ders almak için gelenlere ve beldede bulunan fakirlere harcamaktadır. Bu şekilde ihtiyaçlarını karşılayabilmekte, kendisine gelen bağışları, yardımları muhataplarını kırmadan geri çevirmekte yani kabul etmemektedir. Daha sonra bir de mescid yaptırarak, çalıştığı zamanların haricindeki vakitlerde burada öğrencilerine icazet aldığı tüm konularda bıkıp usanmadan dersler vermeye başlar.

İlmini, karakterini ve çalışkanlığını duyan Sultan II. Murad tarafından Hacı Bayram Veli Hazretlerinin de tavsiyesiyle Saraya davet edilir ve Osmanlı Sarayında Sultan ve Vezirler dahil üst bürokrasiye dersler vermeye başlar. Daha sonra da Sultan Murat’ın talebiyle oğlu Şehzade II. Mehmed'in hocalığına getirilmiştir. Şehzade Mehmet’in yetişmesinde çok büyük katkıları vardır.

İstanbul’un fethi için muhasara edildiğinde, yaklaşık 45-50 gün süren muhasara ve muhasara sırasında verilen kayıplar nedeniyle, uzun süredir fetih de gerçekleşmeyince Osmanlı ordusunda bıkkınlık ve homurdanmalar başlamış, bu aşamada ordunun ve Sultan Mehmet’in motivasyonunun yükseltilmesi ve strateji tesisinde oldukça önemli katkıları olmuştur.

İstanbul'un fethinden sonra II. Mehmed, Akşemseddin ile İstanbul'a girişte şehir halkı tarafından karşılanır. Şehir halkı Akşemseddin'i Sultan Mehmed sanıp ona çiçekler uzatırlar. Akşemseddin ise "Sultan ben değilim" diyerek yanındaki Fatih Sultan Mehmed'i gösterir. II. Mehmed ise "Hünkar benim ama, o benim hocamdır. İltifata O Layıktır!" der.

Sultan Mehmed İstanbul'un fethinin ardından Ayasofya'da kıldıkları ilk cuma namazında hutbesini tamamladıktan sonra, minberden iner ve Akşemseddin'i imâmete (namazı kıldırması için imamlık yapmaya) davet eder. Akşemsettin, Sultana siz kıldırın Sultanım dese de, Sultan Mehmet’in ısrarıyla fethin ilk Cuma namazını kıldırır. 

Akşemseddin, Fetih'ten sonra Fatih Sultan Mehmed'in isteği üzerine Ebu Eyyûb el-Ensarî'nin kabrini tespit eder. 

Bu tespit çok ilginç olmuştur. Kaynaklarda belirtildiğine göre, Fetihten sonra Fatih Sultan Mehmet Hocası Akşemseddin’e, asırlar önce Konstantiniyye’ye islam ordusuyla fetih için gelen ancak şehit olunca istanbul’a muhtemelen surlara yakın bir yerlere defnedilen Eyüp Sultan Hazretlerinin kabrinin bulunmasını murad ettiğini söyler.

O tarihlerde ormanlık alan olan şimdiki Eyüp Sultan semtine Sultan Mehmet, vezirleri, âlimler, dönemin ilim adamları ve Akşemseddin ile birlikte gelirler. Saatler süren inceleme, araştırma neticesi Akşemseddin, Eyüp Sultan Hazretlerinin kabrini bulur. Ancak aradan asırlar geçtiğinden üzeri çoktan toprakla, ağaçlarla, bitkilerle dolmuş ve aşağıda kabir olduğuna ilişkin en küçük bir emare kalmamıştır.

Akşemseddin “Sultanım mübareğin kabri buradadır ancak bugün vakit çok geç olmuştur. Bu karanlıkta kazmak münasip olmaz, müsaade ederseniz yarın sabah tekrar gelsek” der ve oraya büyükçe bir dal çakarak işaret bırakır. 

Saraya döndükten sonra Sultan Mehmet birkaç askeriyle tekrar oraya gelir ve işaretin yerini değiştirir. Amacı herne kadar Hocasına güvense de, içindeki küçük kuşkudan dolayı, yarın sabah geldiklerinde Hocasının tespitinden emin olup olmadığını test etmektir.

Ertesi gün geldiklerinde Akşemseddin Hazretlerinin işaret olarak diktiği dalın yanına geldiklerinde, Akşemseddin Hazretleri duraksar, şaşırır ve “Hayırdır inşallah, dün akşam iz olarak bıraktığımız işaret budur ancak yeri burası değildir” diyerek dünkü işaret bıraktığı yere doğru yürümeye başlar ve birkaç yüz metre sonra “işte burası idi Sultanım” diyerek işaret eder. Padişahın işaretiyle büyük bir dikkat ve edeple kazılır ve epeyce kazıldıktan sonra Eyüp Sultan Hazretlerinin kabri ve kabir üzerinde taş üzerine kazınarak yazılmış küçük bir kitabe bulunur.

Padişah gider Hocası Akşemseddin’in elini öper ve işareti dün gece geri gelerek kendisinin değiştirdiğini ve sebebini anlatır. Bunun üzerine Akşemseddin Sultan Mehmet’e “Sultanım biz manevi alemde bir şeyi öğrenip emin olmadan size hiçbir şeyi arz etmeyiz. Rahat olasınız” der. Bugün İstanbul Eyüp semtinde bulunan Eyüp Sultan Hazretlerinin kabrinin yeri bu şekilde tespit edilmiştir. Sultan Mehmet oraya bir türbe ve küçük bir külliye inşa ettirir.

Saçının sakalının ak olması ve beyaz elbiseler giymesi yada pür-ü pâk (tertemiz, dürüst, eli öpülesi anlamında) olmasından dolayı Akşeyh veya Akşemseddin ünvanıyla bilinmektedir.

Bilinen başlıca eserleri, Risaletü'n-Nûriyye, Hall-i Müşkilât, Makamât-ı Evliya, Kitabü't Tıp, Maddetü’l-Hayat, Def'ü Metain ve Nasihatname-i Akşemseddin’dir.

Akşemseddin, fetihten sonra II. Mehmed'in ısrarına rağmen İstanbul'da kalmak istemez, bunun üzerine Fatih Sultan Mehmet o halde müsaade buyurun da ben sizinle gelip talebeniz olayım, ben bu fetihle yapabileceğim hizmeti yaptım, Sultanlığı layık olan birine devrederim deyince, “Sultanım siz devletin ve ordunun başında lazımsınız, millete kılıç ordusu da, dua ordusu da lazımdır, bizimle gelirseniz bir ayağımız eksik kalır” der ve müsaade alarak Göynük'e çekilir ve 16 Şubat 1459 yılında 70 yaşında burada vefat eder. 

Fatih Sultan Mehmet’in Hocası ve döneminin İslam, tasavvuf, Tıp, Eczacılık ve Astroloji gibi alanlarında dünyanın en önde gelen âlimi olan Akşemsettin Hazretleri için 1464 yılında vefat ettiği Bolu/Göynük’te bir türbe yaptırır. Bolu/Göynük ilçesinde Gazi Süleyman Paşa Camii’nin avlusunda bulunan türbe, altıgen planlı olup, küfeki taşından inşa edilmiştir. Türbe içerisinde bulunan, ceviz ağacından yapılmış olan sanduka, ahşap işçiliğinin çok değerli bir örneğidir.

Allah rahmet eylesin, mekanı cennet olsun..